En este articulo hablan de ventajas y desventajas a grandes rasgos, entre un primario y un secundario desde el punto de vista de ATC (Air Traffic Control):
http://www.airwaysmuseum.com/Surveillance.htm
Basicamente el primario requiere potencias enormes de transmision para cubrir grandes distancias (consumo de energia), ademas de sufrir de atenuacion de la senal por distancias o por nubes/tormentas, terreno. Pero es completamente independiente de la aeronave que se quiere vigilar.
El secundario necesita de la cooperacion del transponder de la aeronave (de ahi que se use para IFF, identificacion de amigo o enemigo), que da la posicion espacial (altura incluida, por la respuesta del transponder), y la senal de respuesta colabora con el radar con lo que no se tiene el problema de atenuacion de la misma, y en consecuencia se requiere un menor consumo de potencia (es mas barato de operar que el primario).
Asumo que operando un secundario (SSR) si enganchas una aeronave volando en tu espacio, la vas a ver (solamente en azimut y distancia, lo que equivale a un punto en un plano 2D segun coordenadas polares), independientemente de si tiene o no el transponder prendido. Si es "no identificado" (transponder off) sabes a que zona mandar tu interceptor. Si es amiga (transponder on), inmediatamente saltan en pantalla mas datos del contacto como ser altitud (ya tenia azimut y distancia, ergo tengo la terna espacial 3D), velocidad, algun tipo de identificacion creo.
Saludos.