La construcción de navíos de tres puentes, en la España del siglo XVIII, sufrió una importante recesión hasta el último tercio de la centuria. Tras la primera unidad producida a principios del siglo siguiendo el modelo tradicional, el navío Real Felipe, fabricado en Guarnizo en 1729, existió un paréntesis de cuarenta años durante el cual la Real Armada no se dotó de navíos de este tipo. Precisamente serían los astilleros de La Habana los encargados de cubrir esta carencia inexplicable.
Mateo Mullan pertenecía al grupo de los expertos británicos y de otras naciones contratados por Jorge Juan en 1750 para colaborar en el remozamiento de la construcción naval española, y había trabajado en La Carraca desde que vino de Inglaterra. Entre 1759 y 1760, Cipriano Autrán y Mullan ya habían estudiado la posibilidad de construir navíos de tres puentes en el arsenal gaditano, pero en su informe de 27 de febrero de 1760, Autrán juzgaba difícil fabricar allí un buque de tanta magnitud y el ambicioso proyecto se vino abajo. Sin embargo las inquietudes de Mullan persistían, y así, cuando recibió la orden de 11 de noviembre de 1766 para encargarle la dirección de la construcción de bajeles en La Habana, antes de partir para el nuevo destino envió en abril de 1767 el modelo de navío de 112 cañones (MNM n.° 546) que hoy es gala del Museo Naval, como anticipo del que iba a fabricar en La Habana y tenía en la cabeza desde hacía años. Comparando este plano concreto con los anteriores del sistema Gaztañeta, se observan grandes diferencias, en cuanto de refiere a la cuaderna maestra, al lanzamiento del tajamar y a la proporción eslora/manga.
Tanta era la impaciencia de todos que, sin esperar la Real Orden de autorización de las obras - de fecha de 23 de octubre de 1767 -, inmediatamente comenzó el acopio de maderas, y en octubre ya se había plantado la quilla en la grada que había dejado libre el San Luis, botado el 30 de septiembre. Pero ocurrió lo inesperado, Mateo Mullan fallecía el 25 de noviembre de "vómito prieto o negro", sumiendo en la mayor consternación a las autoridades de la Armada en la isla. Mullan dejaba tan sólo delineado el navío desde la varenga maestra para popa, la quilla empernada sobre los picaderos, la roda labrada y el codaste. El Conde de Macuriges, a la vista de la situación, decidió el 27, dos días después del fallecimiento, que Ignacio Mullan se encargase del diseño de los planos, la ejecución de los gálibos y la delineación del buque, mientras Pedro de Acosta sería el responsable de la forma de fortificarlo a la española y de la dirección general de las obras. Quizá a estas circunstancias y la extraña disparidad de cometidos asignados a ambos constructores se pueda achacar las peripecias que sufrió el navío a lo largo de su dilatado historial, aun teniendo en cuenta que Acosta falleció pronto.
Por Real Orden de 12 de marzo de 1768 el navío recibiría el nombre de Santísima Trinidad. En octubre del mismo año se le formaba la tercera cubierta, para ser botado a las 11 y media del 2 de marzo de 1769, con las siguientes dimensiones: eslora 213 y 2/3 de pies de Burgos (61,40 m), quilla 182 y 5/12 de pies (52,72 m), manga 57 y 3/4 de pies (16,59 m), puntal 28 y 11/12 de pies (8,31 m); arqueó 4.902 toneladas (7.443,69 m3) con un lastre de 1.546 quintales (71,12 tn). Según Colina, en escrito de 30 de septiembre de 1768, las medidas eran: eslora de alefriz a alefriz 100 codos (57,47 m); quilla de codillo a codillo 85 codos y 6 pulgadas (48,99 m), manga 27 codos (15,52 m), puntal 13 codos y 12 pulgadas (7,76 m), plan 13 codos 12 pulgadas (28,74 m), astilla muerta con el plan 12 pulgadas (28,74 cm), luz de cada porta de popa a proa 1 codo y 17 pulgadas (0,98 m), calado a popa 13 codos (7,47 m) y a proa 12 codos y 6 pulgadas (7,18 m); costó de fábrica 40.000 pesos. En el primer velamen incluía, además del normal, cebadera, sobrecebadera y periquito de sobremesana. Tenía previsto inicialmente montar 30 cañones de a 36 libras de peso de la bala, 32 de a 24, 32 de a 12, y 22 de a 8; en el primer viaje a la Península montó provisionalmente 32 cañones de a 24 y 14 de a 8. La dotación alcanzaba los 960 hombres.
Participó como insignia de Córdoba en la salida de las fuerzas combinadas del 9 al 18 de julio de 1780. Volvió a la mar el 31 de julio con la misma escuadra, que se situó entre 20 a 30 leguas del cabo de San Vicente. Durante el crucero, siguiendo las instrucciones del Conde de Floridablanca, el 9 de agosto de 1780 Córdoba interceptó un convoy inglés de tropas y pertrechos destinados a Bombay y Jamaica. Dada la orden de caza general, el día siguiente fueron apresados cuatro fragatas y 51 buques enemigos y conducidos a Cádiz el 29.
El 23 de julio de 1781 volvió a salir Córdoba con una escuadra de más de 50 navíos, entre ellos 22 franceses del Conde de Guichen y de La Motte-Picquet, destinada a dar cobertura a las fuerzas navales dirigidas a la reconquista de Menorca y llevar a cabo en agosto una segunda campaña en el canal de la Mancha, durante la cual se apresó a la altura de las Sisargas otro convoy británico de 19 buques que se dirigía a Terranova. Inmediatamente pasó a Algeciras para intervenir el 13 de septiembre con sus embarcaciones menores en el salvamento de las dotaciones de las baterías flotantes que atacaron el Peñón Regresados a Cádiz el 23 de septiembre, el Trinidad entró en carena y forró de cobre el casco en el arsenal de La Carraca desde el 5 de octubre al 15 de abril de 1782; durante este tiempo el general trasbordó su insignia al navío Purísima Concepción. El 20 de octubre, de nuevo como capitana de Córdoba, asistió al combate de Espartel librado por la escuadra combinada contra la británica del almirante Howe; durante la acción sufrió un muerto y cuatro heridos. Alcanzada la paz el 23 de abril de 1783, de Real Orden desarmó la escuadra. En 1786 a 1789 continuó en Cádiz al mando del brigadier Pedro Autran. De 1790 a 1795 permanecía en la misma situación al mando del capitán de navío Jerónimo González de Mendoza.
El 4 de agosto de 1796 salió de Cádiz a las órdenes del brigadier Rafael Orozco con la insignia de Juan de Lángara, comandante general de la escuadra ,de 26 navíos y 14 fragatas que escoltó durante algunos días a la división francesa del contralmirante Richery destinada a hostigar los establecimientos británicos del banco de Terranova. Franqueados de la costa y los cruceros ingleses, Lángara regresó a Cádiz para salir nuevamente el 26 de septiembre y penetrar en el Mediterráneo. Allí, noticioso el general de la decisión británica de secuestrar los buques españoles que se encontrasen en aguas del Reino Unido, sorprendió y atacó un convoy inglés al que apresó un bergantín y un mercante. A la altura de Cartagena se le incorporaron siete navíos, y con todos cruzó sobre las costas de Córcega e Italia cuando el 5 de octubre se habían roto las hostilidades con Inglaterra. Entró en Tolón a principios de noviembre y se hizo de nuevo a la vela un mes más tarde con doce navíos más franceses, para escoltar la división de Villeneuve que se dirigía a Brest. Finalmente fondeó en Cartagena el 20 de diciembre. Lángara fue relevado en este puerto por el teniente general José de Córdoba y Ramos, quien también izó su insignia en el Santísima Trinidad, incorporándosele la escuadra del Mediterráneo del Conde de Morales de los Ríos; nuestro navío seguía al mando de Orozco.
Decidido por el Gobierno español el traslado de esta fuerza desde Cartagena a Cádiz, Córdoba salió a la mar el 1 de febrero de 1797 con 27 navíos y número proporcionado de fragatas y buques menores para dirigirse al Atlántico. Al llegar a su destino no pudo tomar el puerto por el viento de Levante y la escuadra se sotaventó hasta el cabo de San Vicente, donde el 14 de febrero, ya disminuida a 24 navíos, se vio sorprendida por la presencia de 15 británicos que en dos columnas cerradas al mando del almirante John Jervis se dirigían hacia él. Los españoles se encontraban desordenados por un exceso de confianza de su general, que a la vista del enemigo dispuso a las siete y media formar tres columnas al rumbo ESE. Al no cumplirse la orden por varios navíos, repitió la señal dos horas más tarde pero fue incapaz de reunirse con los buques más alejados; como consecuencia, a las once y media ordenó formar una pronta línea de combate, mura babor, sin sujeción a puestos, cuyo cumplimiento implicaba virar de vuelta encontrada hacia el enemigo y empeñar enseguida la acción. La escuadra española quedó así dividida en grupos, uno de 17 navíos del centro y la vanguardia, otro de cinco de la retaguardia y dos destacados por la mañana. Jervis atacó al primer grupo, rompiendo el fuego a las once empezando por la cola de la formación, precisamente donde se encontraba el Trinidad, que recibió las descargas sucesivas de los navíos enemigos según pasaban por su costado. El insignia español fue incesantemente cañoneado durante cerca de cinco horas por el Blenheim, de 98 piezas de artillería, el Orion, el Irresistible y el Excellent, los tres de 74, habiendo combatido previamente con el Captain y el Culloden, ambos también de 74. Quedó completamente desarbolado, deshecho el costado y la aleta de estribor, 60 balazos a la lumbre del agua, desmontados una porción de cañones, haciendo 37 pulgadas de agua por hora, con 476 bajas a bordo -de ellas 69 muertos - y tuvo que rendirse. Pero, sin embargo, al acudir en su socorro los navíos Conde de Regla, Príncipe de Asturias, San Pablo y el Infante don Pelayo, los británicos se vieron obligados a retirarse sin su ansiada presa.
Córdoba trasbordó la insignia a la fragata Diana a las 7 de la noche del combate, y el Trinidad se dirigió hacia Cádiz navegando con las reliquias del trinquete y del velacho y armando bandolas, en conserva de la fragata Mercedes, que inútilmente intentó remolcar al navío. El 17 al mediodía se perdió el contacto con la Mercedes y el Trinidad fue avistado por una balandra inglesa; al anochecer se reincorporó la fragata. En la mañana del 20 fue alcanzado por una división de dos navíos, cuatro fragatas y un bergantín británicos. Ante la situación del navío y la superioridad del enemigo, Orozco recurrió a la estratagema de izar la bandera británica por encima de la española, dando a entender que estaba marinado por una dotación de presa inglesa, lo que unido al mal tiempo surtió los efectos apetecidos y la división enemiga se retiró, al anochecer del mismo día. El navío arribó sobre Zafí, en la costa de Marruecos, hasta el 28 por la mañana que logró poner proa a Cádiz. Este día a las 8 se situó por la popa del Trinidad la fragata inglesa Terpsichore, mandada por el capitán de navío Richard Bowen. A las 10 de la noche del mismo día se acercó lo suficiente para intercambiar un fuego vivo con el navío español, que finalmente rechazó a la fragata por los disparos acertados de los cuatro cañones de guardatimones de 36 y 24 libras. El Trinidad sufrió algunas averías en jarcias y velas, varios balazos en el costado, un soldado muerto, cinco hombres heridos, uno gravemente, y algunos contusos. La Terpsichore perdió el mastelero de gavia y averías en la arboladura, jarcias, vergas y costados; así continuó todo el día 1 de marzo en seguimiento del español desde barlovento hasta que el 2, el navío español avistó la escuadra del general Córdoba, a la que se incorporaría aquella misma tarde. El 3 de marzo fondeó en la bahía de Cádiz.
Cuando salió de Cádiz la escuadra combinada el 19 de octubre de 1805 para pasar al Mediterráneo y dirigirse a Italia, el Santísima Trinidad tenía asignado el puesto número 5 de la primera escuadra o centro del cuerpo fuerte mandada por el propio vicealmirante Villeneuve, con su insignia arbolada en el navío Bucentaure, comandante el capitán de navío Jean Jacques Magendie. Se hizo a la mar la madrugada del 20 y ocupó su lugar en la formación, con el cuerpo de batalla navegando en tres columnas, al rumbo NW y el viento al SW. A las tres de la tarde los buques viraron por redondo simultáneamente en demanda del Estrecho, conservando por lo tanto la formación anterior. A las ocho y, media de la tarde, al enterarse el almirante francés del avistamiento por el Achule (capitán de navío Gabriel Danieport) de 18 navíos enemigos al SSW, hizo las señales de formar una pronta línea de batalla sin sujeción a puestos sobre los navíos más sotaventados y la de zafarrancho general. A las seis y media de la mañana del día 21, Villeneuve, a la vista del enemigo y cuando los navíos aliados en desorden procuraban alinearse, mandó adoptar una línea de batalla orden natural, lo que implicaba cambiar los puestos de la formación, pero poco después, a eso de las ocho, el almirante francés ordenó previa señal virar en redondo simultáneamente, y el Trinidad quedó colocado por la proa y a corta distancia del Bucentaure.
En esta situación y dispuesto todo para emprender el combate, se apreció desde el buque español que la columna de barlovento británica encabezada por el Victory, insignia del vicealmirante Horatio Nelson, comandante el capitán de navío Thomas Masterman Hardy, seguido del Temeraire (capitán de navío Eliab Harvey) y el Neptune (capitán de navío Thomas Francis Fremantle), ambos también de tres puentes y 98 cañones, se dirigía a cortar la línea de los aliados entre la popa del Trinidad y la proa del almirante francés. Con objeto de evitarlo, el general Cisneros ordenó a las once y media que se metiesen las gavias en facha, a fin de acortar en lo posible la distancia al referido navío francés, y a las 12, para el mismo efecto, abrió un fuego vigoroso y sostenido con las baterías de babor; por su parte, el Bucentaure también concentraba sus fuegos sobre el inglés. De resultas, éste sufrió 50 bajas - entre ellas nueve soldados de Infantería de Marina muertos por una sola palanqueta del Trinidad que se conserva en el National Maritime Museum de Greenwich - y perdió el mastelero de mesana. De este modo Cisneros logró no sólo causar daños apreciables en el Victory, sino también frustrar el intento del almirante inglés, que se vio obligado a verificar el corte por la popa del Bucentaure, para colocarse por la aleta de estribor del navío español a muy corta distancia, ejecutando lo mismo por la parte de babor los otros dos navíos de tres puentes que le seguían. En esta disposición continuó la acción con los tres buques referidos que también batían al Bucentaure y al Redoutable, comandante el capitán de navío Jean Jacques Etienne Lucas. Al observar el general español que el insignia francés había sido desarbolado de sus palos mayor y mesana, a eso de las tres ordenó forzar la vela en lo posible, a pesar del mal estado en que ya se encontraba la maniobra del Trinidad, tanto para separarse del Bucentaure que con la falta de sus palos se venía encima del español, como para alejarse del fuego de los enemigos y poder reparar algún tanto las averías con la idea de volver de nuevo al fuego; pero el viento muy flojo y la marejada no le permitieron aumentar la distancia, al paso que por instantes aumentaban las bajas y las averías en el aparejo y casco del Trinidad.
A partir de las dos, el Neptune, al que pronto se unieron el Leviathan, comandante el capitán de navío Henry William Bayntun, y el Conqueror, comandante el capitán de navío Israel Pellew, ambos de dos puentes y 74 piezas de artillería, cañonearon desde todas las posiciones con un fuego incesante al Trinidad, que se mantuvo casi sin poder hacer uso del suyo en defensa desesperada hasta quedar arrasado de todos sus palos, cubierto de los destrozos de ellos y de los de sus vergas, masteleros, jarcias y velas. Sucesivamente fueron retirados heridos o resultaron muertos cuantos tenían destino en la toldilla, alcázar y castillo, desde el general hasta el guardiamarina que custodiaba la bandera, quedando a las tres y media tan sólo el comandante sobre el alcázar, pero también cayó herido de un astillazo en la cabeza y sin sentido fue llevado a la enfermería un cuarto de hora después.
Al llegar allí y recuperar el conocimiento, Uriarte informó a Cisneros el estado deplorable en que se hallaba el navío, sin gobierno por estar enteramente desarbolado de todos sus palos, inutilizada mucha parte de su artillería y la restante sin poder hacer fuego por hallarse embarazados los costados con los palos, jarcias y velamen, con muchos balazos a flor de agua y cubiertas sus baterías de cadáveres y heridos. El general envió a decir al tercer comandante con el único ayudante que le quedaba, el teniente de navío Francisco Basurto, continuase la acción en lo posible, sin rendirse antes de consultar con los oficiales que seguían en la acción, lo que verificado, según le participó pasadas las cuatro, quedó el navío rendido, manifestándolo, según el parte del combate, con una bandera enemiga que se presentó en la mano por no haber paraje donde colocarla, y evitar de dicho modo la total mortandad de la gente que sin poder hacer fuego lo estaba sufriendo.
Luego que cesó el fuego se reconoció que había en la bodega sesenta pulgadas de agua, y se puso toda la atención en el trabajo de las bombas. El navío Prince de tres puentes, comandante el capitán de navío Richard Grindall, marinó al Trinidad y lo tomó a remolque con gran esfuerzo, pero sin embargo de haber manifestado los oficiales ingleses el empeño del almirante británico de conducirlo a Inglaterra, no siendo posible contener el agua, sin fuerza la gente en el trabajo incesante de las bombas noche y día, cuando la inundación en la bodega alcanzaba los quince pies, el día 24 al mediodía resolvieron los ingleses dejarlo ir a pique, salvando la gente entre el Prince y el Neptune, lo que no pudo verificarse enteramente a pesar del mucho esfuerzo y la actividad que todos desplegaron, pues debido a la rapidez del hundimiento unos 80 heridos o mutilados - 28 según fuentes británicas - que se hallaban en la enfermería desaparecieron al atardecer con el Trinidad, a pique a unas 25 a 28 millas al sur de Cádiz.
Nunca se ha sabido el número exacto de bajas que sufrió el célebre navío durante el combate y su posterior hundimiento. El jefe de escuadra Baltasar Hidalgo de Cisneros en el parte que rindió a Gravina desde Algeciras el 31 de octubre, evaluó la pérdida total en unos 300 hombres según el cómputo del número de los cadáveres que se arrojaron al agua en la noche del combate y los días siguientes, incluyendo en la cifra los heridos de la enfermería no evacuados. Entre los muertos se registraron cinco oficiales, y sufrieron heridas de más o menos gravedad el propio general Hidalgo de Cisneros; el comandante, brigadier Uriarte; el segundo, capitán de navío Ignacio de Olaeta; el tercero, capitán de fragata José Sartorio, y trece oficiales más, así como unos doscientos de la tripulación y guarnición, de los que bastantes fallecieron posteriormente. Por último, Antonio de Escaño, en parte rendido al Príncipe de la Paz el 5 de noviembre de 1805, evaluó las bajas del Trinidad en 205 muertos y 103 heridos.
Mateo Mullan pertenecía al grupo de los expertos británicos y de otras naciones contratados por Jorge Juan en 1750 para colaborar en el remozamiento de la construcción naval española, y había trabajado en La Carraca desde que vino de Inglaterra. Entre 1759 y 1760, Cipriano Autrán y Mullan ya habían estudiado la posibilidad de construir navíos de tres puentes en el arsenal gaditano, pero en su informe de 27 de febrero de 1760, Autrán juzgaba difícil fabricar allí un buque de tanta magnitud y el ambicioso proyecto se vino abajo. Sin embargo las inquietudes de Mullan persistían, y así, cuando recibió la orden de 11 de noviembre de 1766 para encargarle la dirección de la construcción de bajeles en La Habana, antes de partir para el nuevo destino envió en abril de 1767 el modelo de navío de 112 cañones (MNM n.° 546) que hoy es gala del Museo Naval, como anticipo del que iba a fabricar en La Habana y tenía en la cabeza desde hacía años. Comparando este plano concreto con los anteriores del sistema Gaztañeta, se observan grandes diferencias, en cuanto de refiere a la cuaderna maestra, al lanzamiento del tajamar y a la proporción eslora/manga.
Tanta era la impaciencia de todos que, sin esperar la Real Orden de autorización de las obras - de fecha de 23 de octubre de 1767 -, inmediatamente comenzó el acopio de maderas, y en octubre ya se había plantado la quilla en la grada que había dejado libre el San Luis, botado el 30 de septiembre. Pero ocurrió lo inesperado, Mateo Mullan fallecía el 25 de noviembre de "vómito prieto o negro", sumiendo en la mayor consternación a las autoridades de la Armada en la isla. Mullan dejaba tan sólo delineado el navío desde la varenga maestra para popa, la quilla empernada sobre los picaderos, la roda labrada y el codaste. El Conde de Macuriges, a la vista de la situación, decidió el 27, dos días después del fallecimiento, que Ignacio Mullan se encargase del diseño de los planos, la ejecución de los gálibos y la delineación del buque, mientras Pedro de Acosta sería el responsable de la forma de fortificarlo a la española y de la dirección general de las obras. Quizá a estas circunstancias y la extraña disparidad de cometidos asignados a ambos constructores se pueda achacar las peripecias que sufrió el navío a lo largo de su dilatado historial, aun teniendo en cuenta que Acosta falleció pronto.
Por Real Orden de 12 de marzo de 1768 el navío recibiría el nombre de Santísima Trinidad. En octubre del mismo año se le formaba la tercera cubierta, para ser botado a las 11 y media del 2 de marzo de 1769, con las siguientes dimensiones: eslora 213 y 2/3 de pies de Burgos (61,40 m), quilla 182 y 5/12 de pies (52,72 m), manga 57 y 3/4 de pies (16,59 m), puntal 28 y 11/12 de pies (8,31 m); arqueó 4.902 toneladas (7.443,69 m3) con un lastre de 1.546 quintales (71,12 tn). Según Colina, en escrito de 30 de septiembre de 1768, las medidas eran: eslora de alefriz a alefriz 100 codos (57,47 m); quilla de codillo a codillo 85 codos y 6 pulgadas (48,99 m), manga 27 codos (15,52 m), puntal 13 codos y 12 pulgadas (7,76 m), plan 13 codos 12 pulgadas (28,74 m), astilla muerta con el plan 12 pulgadas (28,74 cm), luz de cada porta de popa a proa 1 codo y 17 pulgadas (0,98 m), calado a popa 13 codos (7,47 m) y a proa 12 codos y 6 pulgadas (7,18 m); costó de fábrica 40.000 pesos. En el primer velamen incluía, además del normal, cebadera, sobrecebadera y periquito de sobremesana. Tenía previsto inicialmente montar 30 cañones de a 36 libras de peso de la bala, 32 de a 24, 32 de a 12, y 22 de a 8; en el primer viaje a la Península montó provisionalmente 32 cañones de a 24 y 14 de a 8. La dotación alcanzaba los 960 hombres.
Participó como insignia de Córdoba en la salida de las fuerzas combinadas del 9 al 18 de julio de 1780. Volvió a la mar el 31 de julio con la misma escuadra, que se situó entre 20 a 30 leguas del cabo de San Vicente. Durante el crucero, siguiendo las instrucciones del Conde de Floridablanca, el 9 de agosto de 1780 Córdoba interceptó un convoy inglés de tropas y pertrechos destinados a Bombay y Jamaica. Dada la orden de caza general, el día siguiente fueron apresados cuatro fragatas y 51 buques enemigos y conducidos a Cádiz el 29.
El 23 de julio de 1781 volvió a salir Córdoba con una escuadra de más de 50 navíos, entre ellos 22 franceses del Conde de Guichen y de La Motte-Picquet, destinada a dar cobertura a las fuerzas navales dirigidas a la reconquista de Menorca y llevar a cabo en agosto una segunda campaña en el canal de la Mancha, durante la cual se apresó a la altura de las Sisargas otro convoy británico de 19 buques que se dirigía a Terranova. Inmediatamente pasó a Algeciras para intervenir el 13 de septiembre con sus embarcaciones menores en el salvamento de las dotaciones de las baterías flotantes que atacaron el Peñón Regresados a Cádiz el 23 de septiembre, el Trinidad entró en carena y forró de cobre el casco en el arsenal de La Carraca desde el 5 de octubre al 15 de abril de 1782; durante este tiempo el general trasbordó su insignia al navío Purísima Concepción. El 20 de octubre, de nuevo como capitana de Córdoba, asistió al combate de Espartel librado por la escuadra combinada contra la británica del almirante Howe; durante la acción sufrió un muerto y cuatro heridos. Alcanzada la paz el 23 de abril de 1783, de Real Orden desarmó la escuadra. En 1786 a 1789 continuó en Cádiz al mando del brigadier Pedro Autran. De 1790 a 1795 permanecía en la misma situación al mando del capitán de navío Jerónimo González de Mendoza.
El 4 de agosto de 1796 salió de Cádiz a las órdenes del brigadier Rafael Orozco con la insignia de Juan de Lángara, comandante general de la escuadra ,de 26 navíos y 14 fragatas que escoltó durante algunos días a la división francesa del contralmirante Richery destinada a hostigar los establecimientos británicos del banco de Terranova. Franqueados de la costa y los cruceros ingleses, Lángara regresó a Cádiz para salir nuevamente el 26 de septiembre y penetrar en el Mediterráneo. Allí, noticioso el general de la decisión británica de secuestrar los buques españoles que se encontrasen en aguas del Reino Unido, sorprendió y atacó un convoy inglés al que apresó un bergantín y un mercante. A la altura de Cartagena se le incorporaron siete navíos, y con todos cruzó sobre las costas de Córcega e Italia cuando el 5 de octubre se habían roto las hostilidades con Inglaterra. Entró en Tolón a principios de noviembre y se hizo de nuevo a la vela un mes más tarde con doce navíos más franceses, para escoltar la división de Villeneuve que se dirigía a Brest. Finalmente fondeó en Cartagena el 20 de diciembre. Lángara fue relevado en este puerto por el teniente general José de Córdoba y Ramos, quien también izó su insignia en el Santísima Trinidad, incorporándosele la escuadra del Mediterráneo del Conde de Morales de los Ríos; nuestro navío seguía al mando de Orozco.
Decidido por el Gobierno español el traslado de esta fuerza desde Cartagena a Cádiz, Córdoba salió a la mar el 1 de febrero de 1797 con 27 navíos y número proporcionado de fragatas y buques menores para dirigirse al Atlántico. Al llegar a su destino no pudo tomar el puerto por el viento de Levante y la escuadra se sotaventó hasta el cabo de San Vicente, donde el 14 de febrero, ya disminuida a 24 navíos, se vio sorprendida por la presencia de 15 británicos que en dos columnas cerradas al mando del almirante John Jervis se dirigían hacia él. Los españoles se encontraban desordenados por un exceso de confianza de su general, que a la vista del enemigo dispuso a las siete y media formar tres columnas al rumbo ESE. Al no cumplirse la orden por varios navíos, repitió la señal dos horas más tarde pero fue incapaz de reunirse con los buques más alejados; como consecuencia, a las once y media ordenó formar una pronta línea de combate, mura babor, sin sujeción a puestos, cuyo cumplimiento implicaba virar de vuelta encontrada hacia el enemigo y empeñar enseguida la acción. La escuadra española quedó así dividida en grupos, uno de 17 navíos del centro y la vanguardia, otro de cinco de la retaguardia y dos destacados por la mañana. Jervis atacó al primer grupo, rompiendo el fuego a las once empezando por la cola de la formación, precisamente donde se encontraba el Trinidad, que recibió las descargas sucesivas de los navíos enemigos según pasaban por su costado. El insignia español fue incesantemente cañoneado durante cerca de cinco horas por el Blenheim, de 98 piezas de artillería, el Orion, el Irresistible y el Excellent, los tres de 74, habiendo combatido previamente con el Captain y el Culloden, ambos también de 74. Quedó completamente desarbolado, deshecho el costado y la aleta de estribor, 60 balazos a la lumbre del agua, desmontados una porción de cañones, haciendo 37 pulgadas de agua por hora, con 476 bajas a bordo -de ellas 69 muertos - y tuvo que rendirse. Pero, sin embargo, al acudir en su socorro los navíos Conde de Regla, Príncipe de Asturias, San Pablo y el Infante don Pelayo, los británicos se vieron obligados a retirarse sin su ansiada presa.
Córdoba trasbordó la insignia a la fragata Diana a las 7 de la noche del combate, y el Trinidad se dirigió hacia Cádiz navegando con las reliquias del trinquete y del velacho y armando bandolas, en conserva de la fragata Mercedes, que inútilmente intentó remolcar al navío. El 17 al mediodía se perdió el contacto con la Mercedes y el Trinidad fue avistado por una balandra inglesa; al anochecer se reincorporó la fragata. En la mañana del 20 fue alcanzado por una división de dos navíos, cuatro fragatas y un bergantín británicos. Ante la situación del navío y la superioridad del enemigo, Orozco recurrió a la estratagema de izar la bandera británica por encima de la española, dando a entender que estaba marinado por una dotación de presa inglesa, lo que unido al mal tiempo surtió los efectos apetecidos y la división enemiga se retiró, al anochecer del mismo día. El navío arribó sobre Zafí, en la costa de Marruecos, hasta el 28 por la mañana que logró poner proa a Cádiz. Este día a las 8 se situó por la popa del Trinidad la fragata inglesa Terpsichore, mandada por el capitán de navío Richard Bowen. A las 10 de la noche del mismo día se acercó lo suficiente para intercambiar un fuego vivo con el navío español, que finalmente rechazó a la fragata por los disparos acertados de los cuatro cañones de guardatimones de 36 y 24 libras. El Trinidad sufrió algunas averías en jarcias y velas, varios balazos en el costado, un soldado muerto, cinco hombres heridos, uno gravemente, y algunos contusos. La Terpsichore perdió el mastelero de gavia y averías en la arboladura, jarcias, vergas y costados; así continuó todo el día 1 de marzo en seguimiento del español desde barlovento hasta que el 2, el navío español avistó la escuadra del general Córdoba, a la que se incorporaría aquella misma tarde. El 3 de marzo fondeó en la bahía de Cádiz.
Cuando salió de Cádiz la escuadra combinada el 19 de octubre de 1805 para pasar al Mediterráneo y dirigirse a Italia, el Santísima Trinidad tenía asignado el puesto número 5 de la primera escuadra o centro del cuerpo fuerte mandada por el propio vicealmirante Villeneuve, con su insignia arbolada en el navío Bucentaure, comandante el capitán de navío Jean Jacques Magendie. Se hizo a la mar la madrugada del 20 y ocupó su lugar en la formación, con el cuerpo de batalla navegando en tres columnas, al rumbo NW y el viento al SW. A las tres de la tarde los buques viraron por redondo simultáneamente en demanda del Estrecho, conservando por lo tanto la formación anterior. A las ocho y, media de la tarde, al enterarse el almirante francés del avistamiento por el Achule (capitán de navío Gabriel Danieport) de 18 navíos enemigos al SSW, hizo las señales de formar una pronta línea de batalla sin sujeción a puestos sobre los navíos más sotaventados y la de zafarrancho general. A las seis y media de la mañana del día 21, Villeneuve, a la vista del enemigo y cuando los navíos aliados en desorden procuraban alinearse, mandó adoptar una línea de batalla orden natural, lo que implicaba cambiar los puestos de la formación, pero poco después, a eso de las ocho, el almirante francés ordenó previa señal virar en redondo simultáneamente, y el Trinidad quedó colocado por la proa y a corta distancia del Bucentaure.
En esta situación y dispuesto todo para emprender el combate, se apreció desde el buque español que la columna de barlovento británica encabezada por el Victory, insignia del vicealmirante Horatio Nelson, comandante el capitán de navío Thomas Masterman Hardy, seguido del Temeraire (capitán de navío Eliab Harvey) y el Neptune (capitán de navío Thomas Francis Fremantle), ambos también de tres puentes y 98 cañones, se dirigía a cortar la línea de los aliados entre la popa del Trinidad y la proa del almirante francés. Con objeto de evitarlo, el general Cisneros ordenó a las once y media que se metiesen las gavias en facha, a fin de acortar en lo posible la distancia al referido navío francés, y a las 12, para el mismo efecto, abrió un fuego vigoroso y sostenido con las baterías de babor; por su parte, el Bucentaure también concentraba sus fuegos sobre el inglés. De resultas, éste sufrió 50 bajas - entre ellas nueve soldados de Infantería de Marina muertos por una sola palanqueta del Trinidad que se conserva en el National Maritime Museum de Greenwich - y perdió el mastelero de mesana. De este modo Cisneros logró no sólo causar daños apreciables en el Victory, sino también frustrar el intento del almirante inglés, que se vio obligado a verificar el corte por la popa del Bucentaure, para colocarse por la aleta de estribor del navío español a muy corta distancia, ejecutando lo mismo por la parte de babor los otros dos navíos de tres puentes que le seguían. En esta disposición continuó la acción con los tres buques referidos que también batían al Bucentaure y al Redoutable, comandante el capitán de navío Jean Jacques Etienne Lucas. Al observar el general español que el insignia francés había sido desarbolado de sus palos mayor y mesana, a eso de las tres ordenó forzar la vela en lo posible, a pesar del mal estado en que ya se encontraba la maniobra del Trinidad, tanto para separarse del Bucentaure que con la falta de sus palos se venía encima del español, como para alejarse del fuego de los enemigos y poder reparar algún tanto las averías con la idea de volver de nuevo al fuego; pero el viento muy flojo y la marejada no le permitieron aumentar la distancia, al paso que por instantes aumentaban las bajas y las averías en el aparejo y casco del Trinidad.
A partir de las dos, el Neptune, al que pronto se unieron el Leviathan, comandante el capitán de navío Henry William Bayntun, y el Conqueror, comandante el capitán de navío Israel Pellew, ambos de dos puentes y 74 piezas de artillería, cañonearon desde todas las posiciones con un fuego incesante al Trinidad, que se mantuvo casi sin poder hacer uso del suyo en defensa desesperada hasta quedar arrasado de todos sus palos, cubierto de los destrozos de ellos y de los de sus vergas, masteleros, jarcias y velas. Sucesivamente fueron retirados heridos o resultaron muertos cuantos tenían destino en la toldilla, alcázar y castillo, desde el general hasta el guardiamarina que custodiaba la bandera, quedando a las tres y media tan sólo el comandante sobre el alcázar, pero también cayó herido de un astillazo en la cabeza y sin sentido fue llevado a la enfermería un cuarto de hora después.
Al llegar allí y recuperar el conocimiento, Uriarte informó a Cisneros el estado deplorable en que se hallaba el navío, sin gobierno por estar enteramente desarbolado de todos sus palos, inutilizada mucha parte de su artillería y la restante sin poder hacer fuego por hallarse embarazados los costados con los palos, jarcias y velamen, con muchos balazos a flor de agua y cubiertas sus baterías de cadáveres y heridos. El general envió a decir al tercer comandante con el único ayudante que le quedaba, el teniente de navío Francisco Basurto, continuase la acción en lo posible, sin rendirse antes de consultar con los oficiales que seguían en la acción, lo que verificado, según le participó pasadas las cuatro, quedó el navío rendido, manifestándolo, según el parte del combate, con una bandera enemiga que se presentó en la mano por no haber paraje donde colocarla, y evitar de dicho modo la total mortandad de la gente que sin poder hacer fuego lo estaba sufriendo.
Luego que cesó el fuego se reconoció que había en la bodega sesenta pulgadas de agua, y se puso toda la atención en el trabajo de las bombas. El navío Prince de tres puentes, comandante el capitán de navío Richard Grindall, marinó al Trinidad y lo tomó a remolque con gran esfuerzo, pero sin embargo de haber manifestado los oficiales ingleses el empeño del almirante británico de conducirlo a Inglaterra, no siendo posible contener el agua, sin fuerza la gente en el trabajo incesante de las bombas noche y día, cuando la inundación en la bodega alcanzaba los quince pies, el día 24 al mediodía resolvieron los ingleses dejarlo ir a pique, salvando la gente entre el Prince y el Neptune, lo que no pudo verificarse enteramente a pesar del mucho esfuerzo y la actividad que todos desplegaron, pues debido a la rapidez del hundimiento unos 80 heridos o mutilados - 28 según fuentes británicas - que se hallaban en la enfermería desaparecieron al atardecer con el Trinidad, a pique a unas 25 a 28 millas al sur de Cádiz.
Nunca se ha sabido el número exacto de bajas que sufrió el célebre navío durante el combate y su posterior hundimiento. El jefe de escuadra Baltasar Hidalgo de Cisneros en el parte que rindió a Gravina desde Algeciras el 31 de octubre, evaluó la pérdida total en unos 300 hombres según el cómputo del número de los cadáveres que se arrojaron al agua en la noche del combate y los días siguientes, incluyendo en la cifra los heridos de la enfermería no evacuados. Entre los muertos se registraron cinco oficiales, y sufrieron heridas de más o menos gravedad el propio general Hidalgo de Cisneros; el comandante, brigadier Uriarte; el segundo, capitán de navío Ignacio de Olaeta; el tercero, capitán de fragata José Sartorio, y trece oficiales más, así como unos doscientos de la tripulación y guarnición, de los que bastantes fallecieron posteriormente. Por último, Antonio de Escaño, en parte rendido al Príncipe de la Paz el 5 de noviembre de 1805, evaluó las bajas del Trinidad en 205 muertos y 103 heridos.
