Quizá deseen mantener sus líneas de cazas embarcados convencionales Nemesis, por lo que ahí el F-35B no sería el indicado. Recordemos que un SVTOL sacrifica generalmente otros puntos, como lo es la cantidad de armamento a utilizar, entre otros puntos. Quizá podamos pensar también que los MiG-29K sean reemplazados por F-35C.
Entiendo tu duda, por ejemplo en el caso del F-35B y el Sea Harrier, qué harían compartiendo el mismo buque. Quizá para realizar una adaptación prolongada y por etapas, sería lógico que en vez de recibir todos los hipotéticos F-35B de golpe, y dar de bajas todos los Sea Harrier de golpe, se haga una desprogramación de a pocas unidades por vez, a su vez que se van incorporando los Lightning en pequeños lotes. Así, más o menos en la mitad de la transferencia, se podrían ver tanto Sea Harriers (en sus últimos momentos de servicio), como F-35B (en sus primeros momentos).
Espero haberme explicado, saludos.