En realidad no, el tratado de 1856 solamente se reconocen los derechos que cada pais tendria sobre los territorios de acuerdo al Utti Possidetis, que no es mas que los derechos territoriales que las reales cedulas españolas reconocian a la Capitania General de Chile y el Virreinato de la Plata en 1810.
Ambas partes contratantes reconocen como límites de sus respectivos territorios los que poseían como tales al tiempo de separarse de la dominación española el año 1810 y convienen en aplazar las cuestiones que han podido o pueden suscitarse sobre esta materia, para discutirlas después pacífica y amigablemente sin recurrir jamás a medidas violentas, y en caso de no arribar a un acuerdo, someter la decisión al arbitraje de una nación amiga.
Art. XXXIX, Tratado de paz, amistad, comercio y navegación, 1856
Ahora no se a que viene el tema de los limites entre Chile y Argentina, estamos hablando de un tema diferente, que es la soberania real y efectiva y jurisdiccion que ejercian ambos paises en esa epoca, tanto en la Patagonia occidental como en la Patagonia Oriental en los cuales que ni Argentina ni Chile ejercian soberania ni jurisdiccion sobre los territorios habitados por mapuches o que fueron araucanizados, recien se logro en 1880 en Chile con la Pacificacion de Araucania y en Argentina con la Campaña del Desierto, en ese periodo varias potencias extranjeras querian declarar esos territorios "res nullius" (cosas de nadie) para querer apoderarselos.
Te lo grafico de otra forma, no se podia ejercer soberania ni jurisdiccion sobre esos territorios hasta 1880, dado que no se respetaba ni la ley chilena ni la argentina, eran simples papeles mojados y tampoco existian instituciones publicas.
Ahora hablando de la epoca colonial no olvides que de 4 asentamientos que se instalaronen 1780 solo subsistio para 1810 Carmen de Patagones y ese asentamiento no esta que digamos en la Patagonia, es mas actualmente esta en la provincia de Buenos Aires.
