Mucho se ha especulado de las razones por las que se retiró de servicio el SR-71, teniendo en cuenta que en 1990, cuando se retiró, seguía cumpliendo su cometido con eficacia. Oficialmente se retiró el Blackbird por su alto coste operativo, y se destacaba que los satélites espía podían hacer su trabajo mas eficientemente y con menos coste. Lo cierto es que un satélite espía es un elemento muy caro con una cantidad muy limitada de combustible para ajustar su orbita, y no siempre se puede usar cuando se necesita realmente. El SR-71 era simplemente más eficiente que un satélite en determinadas misiones, y viceversa. De hecho, los satélites espía ya operaban desde la entrada en servicio del SR-71 y siempre se usaron de forma complementaria. Además, el SR-71 no está tan limitado ante las perturbaciones atmosféricas como un satélite. Otras especulaciones aluden al hecho de que se consideraba que el SR-71 ya no era un avión invulnerable, y apuntan como dato una simulación de interceptación coordinada que el 13 de Julio de 1986 habrían realizado 6 MiG-31, que habría demostrado que se podía interceptar el SR-71. Lo cierto es que desde el MiG-25 se había especulado con esa posibilidad, aunque en el caso del MiG-25 parece ser que no era posible, sobre todo por los datos aportados por un piloto soviético, llamado Victor Belenko, que desertó con un MiG-25 que fue analizado pormenorizadamente por las autoridades americanas. En cualquier caso, aceptando que la posibilidad de interceptación por parte del MiG-31 fuera cierta, no invalida al SR-71 en muchos otros escenarios. De hecho el U-2 ha seguido en servicio durante mucho más tiempo.
Otra posibilidad que se apuntaba es que simplemente la USAF tenia un nuevo tipo de avión de reconocimiento secreto que no hacia necesario al SR-71, de hecho, en 1990 el Senador Byrd y otros miembros del congreso declararon que les habían informado acerca de un sucesor del SR-71 que estaba en desarrollo, y que por eso el Blackbird estaba siendo retirado. En cualquier caso, después de unos años volando solo para la NASA, el programa SR-71 fue reactivado en 1995 bajo el mandato del presidente Clinton. Durante dos años se le asigno un presupuesto anual de 100 millones de Euros para operar dos SR-71 A y un SR-71 B para la reinstrucción de tripulaciones, aunque finalmente en 1997 Clinton cancelo el programa, alegando de nuevo su alto coste. Desde su primera retirada en 1990 algunos ejemplares fueron cedidos a la NASA para la experimentación desde el DRFC, allí permaneció volando hasta 1999 realizando experimentos como prueba del motor Aerospike LASRE.