Estas confundido,energia es energia, las fuentes pueden ser distintas pero la unidad de medida es la misma.1 kn = 10000 kg TNT es solo una unidad de comparación. Es cómo decir: Mi auto tiene 100 caballos de potencia.
Lo cierto es que una bomba atómica, por su naturaleza será muy distinto a 10tn de TNT. La energía que genera, el calor que generan las rupturas de átomos es muy distinta a lo que generan las reacciones químicas presentes en el TNT (o similares).
Por otro lado, las bombas atómicas explotan a miles de metros de altura, maximizando el daño hacia la tierra. Las explosiones terrestres de almacenes militares no siempre explotan todas las tn de explosivos al mismo tiempo, la construcción de los mismos hacen que la energía se disipe hacia arriba, al explotar en superficie las ondas expansivas rápidamente encuentran obstáculos, etc, etc.
Espero haber aclarado un poco.
saludos
1kt=1000tn tnt= X cantidad de joule.