"Desafectado" no es sinónimo de "reserva".
Un bien militar en reserva puede, potencialmente, regresar al servicio y continua siendo un bien público.
Un bien del Estado que ha perdido la mayor parte de su valor útil puede ser desafectado y, por tanto, deja de ser parte del patrimonio público. Dejan de ser bienes públicos, pasan a ser ex bienes públicos.
Ya no hay obligaciones legales vinculadas a la conservación del mismo ni puede asignarse partidas presupuestaria para su conservación. Por el contrario, habré la vía legal para su remate al mejor postor y/o realizar los procedimientos correspondientes para desechar el ex bien público de acuerdo a las normas ambientales que rijan la materia. Aspectos (el remate o desecho) que no necesariamente se pone en práctica por lo que el Estado termina con cementerios de ex bienes públicos.
Esto se aplica en todos los niveles del Estado (municipal, provincial, federal, ministerios, secretarías, fuerzas, etc.) por lo que pueden haber algunos detalles normativos particulares, pero el marco general es siempre el mismo. Lo importante es que si va a asignarse presupuesto para un bien desafectado es al sólo objeto de facilitar su correcto remate o desecho. Implica también que las responsabilidades legales de los funcionarios (y estoy usando el término en su sentido amplio, desde la máxima jerarquía hasta el barrendero) son mínimas si dicho ex bien público no afecta a terceros.
Toda norma tiene excepciones. Aunque es muy raro, un bien desafectado puede volver a ser "afectado" y volver a ser un bien público.