Esos precios están viejísimos. En particular, el Delta II no está disponible más. Y ese es el costo de que despegue el cohete. Además está el servicio de transportarlo, armarlo, probarlos, hacer las interfaces necesarias para que funcionen juntos, certificar que pueden resistir el despegue, el control del despegue, etc. En general, se calcula (puede variar mucho) un quinto para Satelite Bus, Instrumental, Intergración y testeo, Lanzamiento, control del satélite.
El otro detalle es que es muy, pero muy difícil, llevar dos satélites en un cohete. El cambio de plano orbital, puede requerir más combustible que el disponible para toda la vida últil del satélite. Así que solo se pueden colocar dos, cuando van a orbitas muuuuy parecidas. El Ariane 5 lo hace porque prácticamente todo lo que lanza va a GTO, con lo que los satélites solo necesitan estar un poco separados, pero todos viajan a los 0 grados de inclinación. El Proton solo lanzó varios satélites cuando pones los GLONASS (el GPS ruso), porque son satelites chicos, del mismo tipo, que van a la misma órbita. No tengo entendido que el Zenit ni ningún otro de los arriba expuestos, pueden mandar más de un satélite grande.
Los precios son de hace poco mas de un año aproximadamente, y se refieren a costos de lanzamiento unicamente (osea, vos le llevas la carga y ellos "la ponen" en el cohete y la lanzan) no incluye ni el costo de la carga y sus instrumentos, ni el de tranporte hasta el sitio de ensamblado del cohete, ni pruebas sobre la carga (vacio, temperatura, vibraciones, etc). En "Stock" de Delta II hay hasta 2012 aproximadamente (desconosco el número exacto de étapas centrales y boosters de grafito epoxi) y luego solo quedaran Atlas V y Delta IV por parte de ULA (United Launch Aliance, empresa encargada del lanzameinto de los cohetes). Los últimos que se lancen podrían costar hasta 75 millones.
Sobre lo demás, primero quiero aclarar que trate de armar un ejemplo sencillo para que el que no tiene idea entienda y por eso pasé por alto muchos detalles: por ejemplo el Ariane V ECA (que es como tu bien dices el que prácticamente manda todo a GTO) tiene una segunda étapa ESC-A (Étage Supérieur Cryotechnique) que emplea 15 toneladas Hidrógeno y Oxígeno Líquidos, mientras que las otras versiones (Ariane V GS, G+ y ES) utilizan una segunda etapa EPS (Etage à Propergols Stockables) que usa combustibles hipergólicos (tetróxido de nitrógeno y MMH). Comprenderás que si tubiera que citar todos estos detalles el texto se hubiera hecho engorroso y poco práctico para dejar claro mi punto).
Lanzar más de un satélite por lanzamiento es muy común hoy en dia, en especial en satélites de investigación de nuevas técnologías que no necesitan una órbita determinada o el lanzamiento de un satélite grande y varios microsatélites (tu mismo lo citas más adelante), y en el ejemplo aclaré que en el caso del Próton uno debe estar diseñado para tal efecto y en el Ariane V usan el SYLDA.
En cuanto a la penalización de combustible para cambiar de plano orbital tienes toda la razón, pero no es lo mismo plano órbital que órbita.
El Protón también lanza varios satélites de comunicaciones al mismo tiempo, no solo los del sistema GLONASS, un ejemplo: Eureka: Lanzamiento de un Protón-M/Briz-M . Aunque al ser satélites de comunicaciones tendrán el mismo plano órbital de cero grados y (estimo) la misma órbita a 36.000 Km